O rio Amazonas e seus afluentes formam a Bacia Amazônica. Em toda sua extensão, quase 7 mil quilômetros, existem mais de 1000 rios distribuídos pelas margens. A vazão média do Amazonas fica entre 109.000 m³/s e 290.000 m³/s na estação de chuvas. A largura média do rio Amazonas é de aproximadamente 5 quilômetros.
Na margem esquerda, possuem grande importância os rios Napo, Içá, Negro, Jari e Paru. Na margem direita do Amazonas os rios mais importantes são: o Javari, o Juruá, o Madeira, o Purus e o Coari.
Rio Napo
Possui cerca de 1.130 quilômetros de extensão. Ele nasce no Equador, atravessa o Peru e deságua na margem esquerda do rio Solimões.
Rio Içá
Possui a maior parte do percurso no estado do Amazonas, possuindo 1.645 quilômetros de extensão. Ele Deságua no rio Amazonas próximo à cidade de Santo Antônio do Içá, sendo navegável por quase toda sua extensão.
Rio Negro
Segue como o maior afluente da margem esquerda do rio Amazonas, sendo também o mais extenso rio de água negra do mundo e o segundo maior em volume de água, ficando atrás somente do Amazonas. Ele é navegável por 720 quilômetros acima de sua foz e pode chegar a ter um mínimo de 1 m de água em tempo de seca.
Rio Jari
Esse rio passa pelos Estados do Pará e Amapá, possuindo grande importância para a região através do transporte da castanha e demais produtos nativos. Além disso, destaca-se pelo potencial hidrelétrico na região de Santo Antonio da Cachoeira e Itapeuara.
Rio Paru
Esse rio banha o estado brasileiro do Pará. Nascendo na serra de Tumucumaque, fronteira do Suriname, ele cruza em toda extensão o município de Almeirim no Pará, até desaguar na margem esquerda do Amazonas.
Rio Javari
O rio possui 1.180 quilômetros de extensão. Ele é navegado por embarcações de pequeno e médio porte. O rio Javari deságua no Solimões junto à cidade de Atalaia do Norte.
Rio Juruá
Esse é um dos mais importantes afluentes da Amazônia, por ser um rio bastante caudaloso e o mais sinuoso da região. Possui 3.283 quilômetros, banhando as cidades de Carauari, Juruá, Eirunepé, Itamarati, Ipixuna e Canamari. Ele possibilita a navegação em mais de 1000 quilômetros de seu curso durante a cheia. No período da seca, de maio a setembro, a navegação se restringe a 250 quilômetros de sua foz.
Rio Madeira
Esse rio também é um importante afluente do Amazonas, possui cerca de 3.240 quilômetros. O rio Madeira é formado pela união dos rios Mamoré e Guaporé. Pode ser navegável de sua foz até a cabeceira de Santo Antônio na divisa com os estados do Amazonas e Mato Grosso. O rio é muito utilizado para a navegação.
Rio Purus
O rio Purus é formado pelos riachos Curiuja e Cujar. É um rio de grande extensão, possuindo cerca de 3.325 quilômetros.
Rio Coari
Esse rio é conhecido pelo número de embarcações que trafegam na maior parte do ano, sendo um afluente do Amazonas pela margem direita do rio Solimões.