Os Poluentes dos lagos e riachos incluem materiais tais como as partículas do solo que são erodidos a partir da paisagem ou de áreas pavimentadas lavadas pela água.
Uma vez em um lago ou rio, algumas partículas se estabelecem fora da água para tornar-se sedimentos de fundo. Os poluentes químicos absorvidos para que as partículas sejam incorporadas no sedimento, onde podem ser definitivamente enterradas ou ser transportadas pelas correntes de água para outros locais.
Outro tipo de poluente físico é o calor, que pode ser descarregado a partir de uma fonte industrial, ou escoamento de superfícies quentes, em climas quentes.
Produtos químicos resultantes de atividades humanas podem aumentar a concentração de compostos específicos acima dos níveis naturais e então causar problemas de poluição. Excesso de nutrientes nas plantas podem levar ao crescimento excessivo de plantas, enquanto compostos orgânicos sintéticos podem causar alterações fisiológicas em organismos aquáticos, ou podem tornar-se letais em concentrações elevadas.